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「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊,研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中,原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後,不明生命體的政擊再度出現,這次的目標竟然是紗綾香,翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門,與G3-X一同前住救援。突然間,G4出現了,他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前,G4的藍圖被盜,它的力量強大,但是穿戴它的人往往受不了而致命,到底是誰偷走G4後又製造它?不明生命體的攻擊到底來自何方?假面騎士顎門,G3-X,G4與不明生命體之間的戰爭即將開打!!